Piraattipuolue r.p.:n toiminnasta vastaa yhdistyksen hallitus. Piraattipuolueen hallitus kokoontuu maantieteellisistä syistä johtuen pääasiassa IRC:ssä, yleensä PirateNet-verkossa kanavalla #hallituskokous. Kokoukset ovat pääsääntöisesti kaikille avoimia. Seuraavan kokouksen esityslista ja menneiden kokousten pöytäkirjat löytyvät wikistämme.

Yleensä hallitus kokoontuu parin viikon välein uusien jäsenten hyväksymistä ja yhteistä ajatustenvaihtoa varten. Piraattipuolue pyrkii olemaan mahdollisimman vähän byrokraattinen, joten hallituksen lupaa toiminnan järjestämiseen ei tarvitse kysellä. Jotta hallitus pysyy ajan tasalla, kaikesta toiminnasta on kuitenkin hyvä ilmoittaa hallitukselle. Toiminnan järjestämisestä ja siihen osallistumisesta kiinnostuneiden kannattaa mennä kirjoittelemaan keskustelupalstallemme oman vaalipiirinsä keskustelualueelle.

Hallituksen toimikausi on kaksi vuotta. Nyt toimiva hallitus valittiin perustamiskokouoksessa 24.5.2008, joten sen toimikausi kestää vuoden 2010 ensimmäiselle puoliskolle. Hallituksessa on tällä hetkellä viisi varsinaista jäsentä ja kuusi varajäsentä. Nykyisenä puheenjohtajana toimii Pasi Palmulehto.

Paikallistoiminta

Osa Piraattipuolueen toiminnasta järjestetään pelkästään paikallisin voimin. Paikallistoiminta on organisoitu käytännöllisyyden vuoksi vaalipiirirajoja noudattaen. Piraattipuolueelle on alettu perustaa piiriyhdistyksiä, jotka vastaavat paikallistoiminnasta alueellaan sekä ehdokasasettelusta eduskuntavaaleissa ja kunnallisvaaleissa. Osan paikallistoiminnasta järjestävät Piraattinuorten paikalliset aktiivit.

Vaalipiireihin, joissa ei vielä ole vaalipiiriyhdistystä, voidaan nimetä vaalipiirivastaav(i)a.

Opiskelijajärjestöt

Helsingin yliopiston akateemiset piraatit H-YARR on Helsingin yliopiston ylioppilaskunnan piirissä toimiva opiskelijajärjestö. H-YARR toimii toistaiseksi rekisteröimättömänä yhdistyksenä. Yhdistyksen hallituslaisiin saa yhteyden IRC:ssä kanavalla #uusimaa tai #yarr (PirateNet).

Uuden Aalto-yliopiston piirissä toimii vasta perustettu Aaltopiraatit.