Piraattipuolue ry:n toiminnasta vastaa yhdistyksen hallitus. Piraattipuolueen hallitus kokoontuu maantieteellisistä syistä johtuen pääasiassa IRC:ssä, yleensä PirateNet-verkossa kanavalla #hallituskokous. Kokoukset ovat pääsääntöisesti kaikille avoimia. Seuraavan kokouksen esityslista ja menneiden kokousten pöytäkirjat löytyvät wikistämme.

Yleensä hallitus kokoontuu noin kahden viikon välein uusien jäsenten hyväksymistä ja yhteistä ajatustenvaihtoa varten. Piraattipuolue pyrkii olemaan mahdollisimman vähän byrokraattinen, joten hallituksen lupaa toiminnan järjestämiseen ei tarvitse kysellä. Jotta hallitus pysyy ajan tasalla, kaikesta toiminnasta on hyvä ilmoittaa hallitukselle. Toiminnan järjestämisestä ja siihen osallistumisesta kiinnostuneiden kannattaa mennä kirjoittelemaan keskustelupalstallemme oman vaalipiirinsä keskustelualueelle.

Hallituksen toimikausi on kaksi vuotta. Nyt toimiva hallitus valittiin perustamiskokouksessa 24.5.2008, joten sen toimikausi kestää vuoden 2010 ensimmäiselle puoliskolle. Hallituksessa on tällä hetkellä viisi varsinaista jäsentä ja kuusi varajäsentä. Perustuskokouksessa puheenjohtajaksi valittu Carl Wahlman jätti työkiireiden vuoksi tehtävänsä 15.12.2008. Varapuheenjohtajana toiminut Pasi Palmulehto valittiin uudeksi puheenjohtajaksi Piraattipuolueen ylimääräisessä kokouksesa 31.1.2009.

	Puheenjohtaja Pasi Palmulehto IRC: Scoffa Keskustelupalsta: Scoffa   p. 045 310 2340 Hollola			Varapuheenjohtaja Harri Kivistö IRC: Kivisto Keskustelupalsta: Harri Kivistö    p. 040 531 9232 Tampere
	Tiedottaja Kaj Sotala IRC: Xuenay Keskustelupalsta: Xuenay    p. 040 824 9335 Helsinki			Hallituksen jäsen Matti Hiltunen IRC: mtti Keskustelupalsta: Matti Hiltunen     Kontiolahti
	Hallituksen jäsen Mikko Kunnari IRC: MikkoK Keskustelupalsta: Mikko Kunnari   p. 044 311 0131 Tampere
	Rahastonhoitaja Pasi Vähämartti Hallituksen varajäsen IRC: MrHUU Keskustelupalsta: MrHUU    p. 045 310 2348 Helsinki			Puoluesihteeri Ahto Apajalahti Hallituksen varajäsen IRC: Puuhkaja Keskustelupalsta: Puuhkaja   p. 045 310 2342 Helsinki
Muut varajäsenet:
	Patrik Hirvinen IRC: Hirvinen Helsinki			Jyri Hämäläinen IRC: Gagis Keskustelupalsta: Gagis Jyväskylä
	Tero Inha IRC: Insu Helsinki			Lari Yltiö IRC: PaPi- Helsinki

Kaikkien hallituksen jäsenten sähköpostit ovat muotoa Sähköpostiosoite on suojattu roskapostiohjelmia vastaan, Javascript-tuen tulee olla päällä nähdäksesi osoitteen . Samat osoitteet ovat myös varajäsenillä, joilla on erityinen luottamustehtävä.